近年微生态的研究成为国际热点，微生态疗法被西方国家临床验证、重视和认可。总结中国的粪、便类微生态疗法的临床应用经验具有重要的历史和现实意义，对于研究肠道微生态、粪微生态移植等具有重要的借鉴意义和潜在的巨大价值。在漫长的历史中，中医古籍中小便与粪便药物经常配合应用于临床。中医学理论认为，人体的大小便均出于小肠的分泌、辨别功能，属于一本两源，二者有相通之处。据史料记载和初步统计，从有据可查的历代文献中，收集人小便类及制品近十种，包括人尿、童子尿、人中白(即尿液因酸碱度变化产生的灰白色沉淀物)、秋石(以人尿和人中白为原料的制品)、尿板、尿坑中青泥等。根据临床诊疗的需要进行了极其严格的加工处理，部分药更是采取了步骤复杂的提纯、升华的炮制过程。现重点阐述小便类中药的采集、炮制、服用禁忌及在消化系统疾病中的临床经验，希望为微生态学，尤其是消化道微生态提供可借鉴的信息。